La Conspiración de Martín Cortés Zúñiga fue un movimiento que buscó recuperar los privilegios que los encomenderos habían perdido con las leyes promulgadas en 1542.
Las encomiendas consistían en tributos que los indígenas tenían que pagar, a cambio, el encomendero se hacía cargo de la evangelización de los pueblos conquistados. Así, los encomenderos estaban representados por los descendientes de los conquistadores y se cometieron abusos.
En 1542, Carlos I pensó que los indígenas se debían considerar súbditos de la corona española del mismo modo que cualquier otra persona, entonces, se estipuló que:
- No se asignarán nuevas encomiendas. Las encomiendas existentes dejarían de existir con sus titulares.
- Se suprimen las encomiendas de miembros del clero, de funcionarios públicos, o de personas sin título de conquista.
- Se limita el importe de los tributos que habían de satisfacer los encomendados.
- Es abolida cualquier forma de esclavitud y cualquier otra categoría de trabajo forzoso.
Martín Cortés Zúñiga regresó a la Nueva España en 1563 y, se encontró con que las nuevas leyes afectaban los derechos que creía suyos al ser el heredero de Hernán Cortés, pronto, los encomenderos lo vieron como su líder y lo nombraron capitán general.
Los encomenderos deseaban recuperar sus anteriores derechos, pero la Audiencia consideró que se estaban sublevando y, el 16 de julio de 1566 se capturó a los principales líderes entre ellos los hermanos Cortes —Martín Cortés Zúñiga, Martín Cortés Malintzin y Luis Cortés Altamirano—, además, se detuvo a Alonso de Ávila y a Gil González de Ávila.
Martín Cortés Zúñiga fue enviado a España, después de que se le juzgó se le despojó de sus bienes y se le desterró a Orán en Argelia. Su hermano homónimo fue torturado sin que se lograra hacerlo confesar. Alonso de Ávila y Gil González de Ávila fueron condenados a muerte.
Así, terminó este suceso que algunos consideran un antecedente de la Independencia de México.