El Ayuntamiento se creó en 1519 y, junto con Hernán Cortés determinó que la Ciudad de México fuera la capital de la Nueva España. Fue un organismo legislativo, impartidor de justicia y administrativo.
Se realizaban sesiones ordinarias y extraordinarias, en ambos casos, se levantaba un acta y su contenido era público. También, se realizaban sesiones secretas sobre asuntos delicados, en este caso las actas no eran públicas.
El Ayuntamiento se conformaba por un representante del rey y un cabildo. Hernán Cortés fue el primero en fungir como representante del rey. El cabildo, a su vez, se constituía de dos alcaldes, regidores y un procurador de justicia.
Los alcaldes eran dos y se elegían cada año entre las personas de buena reputación, el alcalde con más edad era nombrado alcalde mayor. Su responsabilidad era hacer cumplir las leyes. En ausencia del representante del rey, el alcalde mayor se encargaba de presidir el cabildo. El alcalde de menor edad era llamado alcalde menor y suplía las ausencias del alcalde mayor.
Los regidores eran responsables de la administración de la ciudad, el número de regidores fue creciendo, pasando de 12 a 20. Cada uno de ellos se hacía cargo de un área de administración específica de la ciudad, por ejemplo, encargado de obras públicas, encargado de los lugares de recreación pública, encargado del control de carros y coches privados, encargado de la fuerza pública, etc. El procurador de justicia se desempeñaba como abogado ante el rey y el Consejo de Indias.
Después de la Independencia de México, el representante del rey pasó a ser un representante del presidente de la República que se conoció como Gobernador del Distrito Federal. El inspector de policía era nombrado directamente por el presidente, un alcalde se encargaba de la administración de la ciudad, los regidores eran elegidos por la población y, ellos a su vez, elegían al alcalde.
Además, las funciones de impartición de justicia que realizaba recayeron completamente en el Poder Judicial.